Początkowo, od 1 września 1984r., zajmowała część pomieszczeń starego budynku Zespołu Szkół Zawodowych nr 1, „Elektryka”, przy ulicy Konarskiego 9. Do dyspozycji 490 uczniów z 16 oddziałów klas I – VIII i 42 dzieci z 2 grup przedszkolnych oddano osiem izb lekcyjnych i salę gimnastyczną oraz świetlicę i pracownię zajęć praktyczno – technicznych. Zatrudniono 22 nauczycieli w pełnym wymiarze godzin i 4 osoby na część etatu. Dyrektorem szkoły został Jan Lewczuk.

Budowę nowego gmachu szkoły rozpoczęto w 1984r. na działce pomiędzy ulicami: Wiśniową, Aleksandrowską, Czerwonego Krzyża i Prusa. Fundusze na ten cel władze oświatowe zapewniły dzięki staraniom Komitetu Rodzicielskiego Szkoły Podstawowej nr 11. Budowy podjęło się Siedleckie Przedsiębiorstwo Budownictwa Komunalnego.

Aby przyspieszyć tempo robót budowlanych, 1 marca 1985 r. na zebraniu rodziców zawiązał się Społeczny Komitet Budowy Szkoły przy ul. Wiśniowej. Komitet „z uwagi na trudności kadrowe wykonawcy” zwrócił się do rodziców z apelem o wsparcie przy budowie placówki. Ponad 50 procent rodziców zadeklarowało pomoc. Do końca roku przepracowali ok. 8,5 tys. roboczogodzin.

23 czerwca 1989 r. uroczystość zakończenia roku szkolnego odbyła się już w nowym – częściowo oddanym do użytku – budynku. Funkcję dyrektora pełniła Stefania Tuszyńska.

W kolejnym roku szkolnym zakończono budowę pawilonu klas młodszych. Ponadto oddano do użytku pomieszczenia sekretariatu, biblioteki i świetlicy. W roku szkolnym 1991/ 1992 zaczęły funkcjonować stołówka i sale gimnastyczne oraz szatnie i pokój nauczycielski. Budowa szkoły została zakończona.

Latem 1993 roku rozpoczęto prace przy zagospodarowywaniu terenu wokół szkoły. Przy pomocy Technikum Rolniczego, Wydziału Ochrony Środowiska Urzędu Wojewódzkiego oraz Nadleśnictwa Siedlce zasadzono 150 drzewek i krzewów oraz 400 m żywopłotu.

Rodzice dodatkowo wpłacali po 100 tys. złotych od każdego ucznia, aby jak najszybciej zakończyć budowę boiska sportowego.

1 grudnia 1989 roku obowiązki dyrektora szkoły objął Bogusław Kielak.

W roku szkolnym 1992/1993 szkoła liczyła 49 oddziałów ( w tym cztery „ zerówki”). Uczyło się w niej 1337 uczniów. Zatrudnionych było 76 nauczycieli.

Rodziły się cenne inicjatywy, tworzyła się tradycja.

W roku szkolnym 1991/1992 w „Jedenastce” – jako pierwszej placówce oświatowej w Siedlcach – rozpoczęła działalność Rada Szkoły.

14 listopada 1996 roku na posiedzeniu Rady Pedagogicznej zdecydowano, że szkoła będzie nosić imię Jana Pawła II. Uchwałę w tej sprawie podjęto 24 kwietnia 1997 r. podczas XXXIV Sesji Rady Miasta.

Uroczystość nadania imienia odbyła się 17 maja 1997 r., w przeddzień 77. urodzin Papieża.

Podczas uroczystej koncelebrowanej mszy świętej został poświęcony przez ks. biskupa Henryka Tomasika sztandar szkoły, a prezydent miasta, Henryk Gut, przekazał na ręce dyrektora szkoły, Bogusława Kielaka, Uchwałę Rady Miasta w sprawie nadania Szkole Podstawowej nr 11 w Siedlcach imienia Jana Pawła II.

Odsłonięto i poświęcono tablicę pamiątkową oraz dokonano otwarcia Sali Patrona, w której zgromadzono pamiątki związane z osobą Papieża Polaka, m. in. Jego sutannę, pas, buty, stułę, notatnik, pióro i zegar. Obecnie w Sali mieści się Muzeum Ojca Świętego Jana Pawła II. Pomysłodawcą utworzenia muzeum był pan Adam Klejc, jego społeczny kustosz.

17 i 18 maja 2004 r. szkoła gościła uczniów z Białorusi. 18 maja 2004 r. została podpisana Umowa o współpracy Szkoły Podstawowej nr 11 im. Jana Pawła II w Siedlcach ze Szkołą Średnią nr 8 z Polskim Językiem Nauczania w Wołkowysku w ramach programu Szkół Patronackich.

18 października przedstawiciele uczniów naszej szkoły złożyli wizytę na Białorusi. Uczestniczyli w obchodach 5-lecia istnienia Szkoły Polskiej w Wołkowysku, zwiedzili Grodno i Wołkowysk.

Dzięki inicjatywie dyrektor Małgorzaty Szostek, która od 1 stycznia 2007 roku kieruje placówką, szkoła należy do Ogólnopolskiej Rodziny Szkół im. Jana Pawła II.

20 listopada 2008 r. w szkole odbyła się inauguracja działalności Rodziny Szkół im. Jana Pawła II Diecezji Siedleckiej. Wzięli w niej udział przedstawiciele 32 placówek oświatowych wraz z pocztami sztandarowymi. Honorowy patronat nad uroczystością objęli : Ordynariusz Diecezji Siedleckiej Ks. Biskup Zbigniew Kiernikowski i Prezydent Miasta Siedlce – Wojciech Kudelski.

Dyrektor Małgorzata Szostek kontynuuje kierunek pracy wychowawczej zapoczątkowany przez dyrektora Bogusława Kielaka. Misją realizowaną w szkole jest ,,wychowanie dziecka dokonującego świadomych wyborów, stale pracującego nad sobą, dążącego do doskonałości”.

W tradycję wpisały się obchody Święta Szkoły, Dnia Papieskiego.

Uczniowie w myśl nauki Patrona starają się być aktywni i otwarci na potrzeby innych. Aktywność wychowanków wyraża się w działalności w Samorządzie Uczniowskim, w pracy w szkolnym kole Caritas. Dzieci chętnie pomagają potrzebującym , opiekując się, w ramach ,,Adopcji serca”, od roku 2002/2003 do zakończenia edukacji dziewczynką z Rwandy, Oliwią Bampoyiki”, a od stycznia 2014 r. -  po spotkaniu z o. Otto Kato -Martą Businge z Ugandy. Wspierają innych, organizując liczne akcje charytatywne.

Nauczyciele dbają o wszechstronny, harmonijny rozwój każdego ucznia. W latach 2009-2012 szkoła zrealizowała projekt edukacyjny Mazowieckie Talenty, dający uczniom szanse rozwoju artystycznego. W roku 2012/13 dołączyła do Ogólnopolskiej Sieci Szkół Odkrywców Talentów.

Dumą szkoły jest eTwinning – internetowe partnerstwo szkół, dzięki któremu wychowankowie uczą się języka obcego, posługują się techniką  w komunikacji z innymi.

Szkoła w trosce o bezpieczeństwo uczniów i promocję zdrowego stylu życia podjęła działania zmierzające do uzyskania Wojewódzkiego Certyfikatu Szkoły Promującej Zdrowie. 5 XI 2014 r. została wpisana na listę szkół  należących do Mazowieckiej Sieci Szkół Promujących Zdrowie.